Für ein judaistisches Institut in Deutschland ist die Forschungsarbeit in ständigem Kontakt mit der internationalen judaistischen Forschung lebensnotwendig. Angehörige des Instituts sind u.a. Mitglieder im Verband der Judaisten in  Deutschland, in der European Association of Jewish Studies und in der World Union of Jewish Studies. Mit zahlreichen judaistischen Institutionen im europäischen und außereuropäischen Ausland besteht eine enge Zusammenarbeit, so vor allem mit der Hebräischen Universität in Jerusalem und mit dem Istituto Nazionale di Studi sul Rinascimento in Florenz.

Folgende Projekte werden z.Zt. am Institut für Judaistik durchgeführt:

• The Kabbalistic Library of Pico della Mirandola
• A Feminist Commentary on the Babylonian Talmud
• The Impact of the Sefer ha-Zohar on the Christian World 17th-19th Centuries
• A Digital Synopsis of the Mishnah and the Tosefta
• Die hebräischen Handschriften der „Erfurter Sammlung“ als kulturhistorische  Zeugen jüdischen Lebens im Mittelalter

Abgeschlossene oder sich in der Auslaufphase befindende Projekte:

• A collection of texts on Jews and Judaism on perishable material from Egypt: 330 BCE to 700 CE
• DFG Projekt Yohanan Alemanno
• Lexicon of Jewish Names: Erfassung sämtlicher jüdischer Namen und Personen in der Antike in Palästina und in der Diaspora
• Schulprojekt: History und Oral History. Jüdisches Leben in Berlin

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