Zehn Jahre nach Gründung der Freien Universität Berlin wurde 1958 die erste japanologische Professur der Universität eingerichtet, die mit Hans Eckardt (1905-1969) als a. o. Professor, ab 1964 als Ordinarius besetzt war. Bis Ende der sechziger Jahre war die Japanologie der FU durch die philologische Japanforschung geprägt. Im Wintersemester 1968/69 erfolgte die Gründung des Ostasiatischen Seminars der Freien Universität Berlin, das die Fachrichtungen Sinologie und Japanologie umfasste und dem Fachbereich Philosophie und Sozialwissenschaften zugeordnet war. 1969 wurde der Kultur- und Literaturwissenschaftler Katō Shūichi auf den Lehrstuhl für Japanologie berufen, den er bis 1973 innehatte. Die zweite Professur war 1970 bis 1975 mit Roland Schneider besetzt. 1971 bis 1989 wirkte außerdem Johanna Fischer (1922–2004) als Professorin mit den Schwerpunkten Literatur- und Geistesgeschichte an der Freien Universität.

Nachdem bereits in den fünfziger Jahren Lehrbeauftragte wie der spätere japanische Botschafter in Bonn, Ryōhei Murata, Japanischunterricht an der FU gegeben hatten, trat 1971 Detlef Foljanty seine Stelle als Sprachlektor an und blieb dem Institut bis zu seiner Pensionierung im Jahre 2003 verbunden. Aufgrund des großen Andrangs von Studierenden wurde 1976 eine zweite Lektorenstelle eingerichtet, die seitdem mit Hiroomi Fukuzawa besetzt ist. Von 1974 bis 2005 war Sumio Suga als Bibliothekar der Japanologie tätig.

Die Stärkung des sozialwissenschaftlichen Profils der Ausbildung war eines der dringlichsten Anliegen der in den siebziger Jahren politisch sehr aktiven Studentenschaft gewesen. Mit dem Antritt von Sung-jo Park als Lehrstuhlinhaber im Jahre 1978 wurde die sozial- und wirtschaftswissenschaftliche Ausrichtung der Japanologie gefestigt. Japans Rolle als führende Wirtschaftsmacht führte zum gesteigerten Interesse an einem Japanologiestudium, und die Zahl der Studienanfänger überschritt bereits Mitte der achtziger Jahre die Hundert. In dieser Zeit wurden mehrere Kooperationsabkommen mit japanischen Universitäten wie der Tōkyō-, Kyōto-, Waseda- und Keiō-Universität abgeschlossen, was den Studierenden längere Japanaufenthalte ermöglichte. Regelmäßig fanden organisierte Exkursionen statt, jedes Jahr konnten zahlreiche Studierende an japanischen Universitäten einen Teil ihrer Ausbildung absolvieren und im Rahmen von Praktika japanische Unternehmen kennenlernen.

Seit der Berufung Irmela Hijiya-Kirschnereits auf den Lehrstuhl für Literatur- und Kulturwissenschaft Japans im Jahre 1991 sind sowohl die literatur- und kulturwissenschaftliche als auch die sozialwissenschaftliche Japanforschung an der FU vertreten. Der Leibniz-Preis der DFG, den sie 1992 verliehen bekam, trug dazu bei, daß der kulturwissenschaftliche Schwerpunkt erheblich ausgebaut werden konnte. Seit 1992 ist auch Yoriko Yamada-Bochynek als Akademische Rätin mit einem sprachwissenschaftlichen und sprachdidaktischen Schwerpunkt am Institut tätig.

Nach der Emeritierung von Sung-jo Park im Jahre 2003 trat 2004 Verena Blechinger-Talcott die Nachfolge an und vertritt nun die Schwerpunkte Politik und Volkswirtschaft Japans.