Die Geschichte des Instituts reicht in die Anfangszeit der Freien Universität zurück: Es wurde 1948 als Teil der neugegründeten Freien Universität eingerichtet und bis zum Ende der 60er Jahre von Walther Braune geleitet. Braune, ein Schüler des vor den Nazis nach Amerika emigrierten evangelischen Theologen Paul Tillich, war einer von insgesamt fünf Professoren, die damals von der ostberliner Humboldt Universität zu der in West-Berlin neu zu gründenden Freien Universität gewechselt sind. Zu jener Zeit war der Religions- und Islamwissenschaftler Braune der einzige Professor des noch jungen, in der Boltzmannstraße (gegenüber des Henry-Ford-Baus) gelegenen Instituts. Nach Braunes Emeritierung im Jahre 1968 tritt Klaus Heinrich seine Nachfolge an, der 1971 als ordentlicher Professor an das Institut berufen wurde (Emeritierung 1995). Durch Überleitung einer sog. Dozentenstelle entstand eine zweite Professur, auf die Jochen Möbus berufen wurde; dieser allerdings wechselt 1978 zu den Soziologen. 1984 erhielt dann Hartmut Zinser den Ruf als zweiter Professor; 1990 wird dieser (nach einer kurzen Zeit als Professor für Religionsethnologie in Mainz) dann endgültig an die Freie Universität gerufen. Im Jahre 1994 zog das Institut in die Altensteinstraße um. Im Jahr 2002 trat Renate Schlesier die Nachfolge von Klaus Heinrich an. Ein weiterer Umzug im Jahr 2008 führt in die Goßlerstraße 2-4, bevor das Institut zusammen mit den anderen sogenannten "Kleinen Fächern" 2015 in die Holzlaube einzog. Von 2008 bis 2021 hatte Almut-Barbara Renger die Professur für Antike Religion und Kultur sowie deren Rezeptionsgeschichte am Institut inne. Beatrice Trinca war von 2012-2021 Juniorprofessorin für Religion und Literatur in der europäischen Kultur des Mittelalters sowie deren Rezeption mit Schwerpunkt auf der Geschlechterforschung. Susanne Gödde wurde 2016 als Nachfolgerin von Renate Schlesier an das Institut berufen.