Das ZMO ist die einzige Forschungseinrichtung Deutschlands, die sich interdisziplinär und in historisch vergleichender Perspektive mit dem Nahen Osten, Afrika, Eurasien, Süd- und Südostasien befasst. Im Mittelpunkt der Forschung steht die Interaktion überwiegend muslimisch geprägter Gesellschaften sowie deren Beziehungen mit den nicht-muslimischen Nachbarregionen. Die Direktorin des ZMO ist Professorin der Islamwissenschaften am Fachbereich. Die bei GeschKult angesiedelte Berlin Graduate School Muslim Cultures and Societies ist ein gemeinsames Projekt mit dem ZMO.