Van Rookhuijzens aktuelle Forschung (im Rahmen eines VENI-Stipendium, 2019-2022) befasst sich mit der Symbolik, Archäologie und Rezeptionsgeschichte der Akropolis in Athen, insbesondere die des "Parthenon" und seiner Vorgänger, sowie des Tempels von Athena Polias (fälschlicherweise als "Erechtheion" bekannt). Er möchte die Rolle, die diese Denkmäler bei der Herausbildung der griechischen, europäischen und westlichen Identitäten spielten, beleuchten, sowie Geschichten über Aktivitäten (z. B. Zerstörung und Entweihung) von Feinden aus dem Osten (z. B. Perser und Türken), die in den Diskurs eingebettet sind, entwirren. Seine Forschung zielt darauf, die Rolle solcher Geschichten in einer überprüften Architekturgeschichte und topografischen Rekonstruktion der Akropolis-Tempel zu verfolgen, um so besser zu verstehen, wie das “Westen”  und das “Osten” definiert und charakterisiert wurden.